Mesjid Al Muttaqien adalah sebuah masjid besar dengan dua lantai; lantai dua untuk ihwan (laki-laki) dan lantai tiga untuk akhwat (perempuan), sedangkan lantai satu berfungsi sebagai aula. Masjid ini dapat menampung hingga 1.500 orang, dan menjadi tempat shalat Dhuhur dan Ashar bagi seluruh warga sekolah. Selain itu, mesjid ini sering digunakan untuk kegiatan keagamaan lainnya seperti Ekstrakurikuler ICM, Tabligh Akbar, ceramah umum, lomba keagamaan, parenting, dan kegiatan lainnya. Fasilitas wudhu yang banyak serta toilet yang memadai menjadikan tempat ini nyaman bagi semua pengguna.
