Setiap jenjang di SMP PGII 1 Bandung dipimpin oleh seorang Wali Kelas yang memiliki kompetensi khusus dalam mengelola kelas sesuai dengan kebutuhan jenjangnya. Penempatan Wali Kelas didasarkan pada hasil evaluasi dan kontribusi siswa serta orang tua, memastikan pengelolaan kelas yang efektif dan mendukung perkembangan siswa.
Wali Kelas bekerja sama dengan pimpinan sekolah, guru mata pelajaran, dan guru bimbingan konseling, serta menjaga komunikasi yang intensif dengan orang tua untuk menciptakan sinergi dalam pembentukan karakter dan prestasi siswa. Kolaborasi ini bertujuan untuk menciptakan lingkungan belajar yang kondusif, disiplin, dan harmonis bagi semua siswa.